비 올 때만 천장 구석에 갈색 얼룩이 생기는데 옥상 방수 문제일까요?

안녕하세요. 최근 장마철을 지나면서 안방 천장 모서리 쪽에 갈색 물 얼룩이 생기기 시작했습니다. 처음에는 아주 작게 시작했는데, 비가 많이 온 날에는 얼룩 범위가 넓어지더니 이제는 벽지 쪽으로 젖어 들어오는 게 눈에 보일 정도입니다. 이상한 점은 평소에는 멀쩡하다가 오직 비가 올 때만 증상이 나타난다는 것입니다. 그래서 배관 누수는 아닐 것 같고, 아마 외벽이나 옥상 방수층 문제인 것 같은데 정확히 어디서 새는지 모르겠습니다. 어제 직접 확인해 보니 창틀 주변 실리콘이 많이 갈라져 있고 손으로 누르면 가루처럼 부스러지더라고요. 당장 급한 마음에 시중에서 파는 방수제를 사다가 겉면에 살짝 발라봤는데, 비가 다시 오니 똑같은 자리에 얼룩이 생깁니다. 아무래도 내부 단열재까지 이미 물을 머금은 상태인 것 같아 걱정입니다. 지금 제가 고민 중인 선택지는 세 가지입니다. 첫째는 창틀 실리콘만 전부 새로 쏘고 경과를 보는 것, 둘째는 옥상 전체 우레탄 방수를 다시 하는 것, 셋째는 일단 젖은 벽지를 뜯어내고 내부 건조부터 시킨 뒤 원인을 찾는 것입니다. 단순히 겉면만 가리는 식으로 처리했다가 나중에 곰팡이가 더 심해질까 봐 겁이 납니다. 이런 경우에 보통 어떤 순서로 진단을 받고 보수를 진행하는 것이 정석인지 궁금합니다.